Fils de médecin, John, qui est né au milieu du XIXe siècle, vient d'un milieu assez aisé. Après avoir fait des études de droit à l'université de Winchester, il part étudier à l'université d'Oxford. Là bas, il rencontre James Watson, un étudiant en médecine, et détective privé à ses heures perdues. Un lien se crée entre eux, qui aux yeux de leur entourage pouvait s'apparenter à une grande amitié, voir une fraternité, mais qui cachait quelque chose qui allait bien au-delà...
Ils rencontrent ensuite les autres membres de ce qui s'appellera les Cinq: Nigel Griffin, Nikola Tesla et Helen Magnus. John tombe alors sous le charme d'Helen, a qui il décide de faire la cour, avec succés. En compagnie des Cinq, ils mènent différentes recherches, dans le but de repousser les limites de la science.
En 1886, avec l'aide du père d'Helen, Gregory Magnus, ils parviennent à se procurer un échantillon intact de sang vampire, avant que ceux-ci ne soient stérilisés et totalement disparus. Après avoir créé un sérum à base de ce sang, chacun des membres du petit groupe se l'injectent. Le résultat de cette expérience va bien au-delà de leur imagination, puisque suite à ça, ils se retrouvent chacun dotés d'un don particulier. Le don de John est la possibilité de transformer les molécules de son corps en pure énergie pour pouvoir se re-matérialiser à un autre endroit. Dans un autre terme, il peut se téléporter partout où il le désire.

Deux années passent, John se fiance à Helen, tout semble aller pour le mieux pour eux. Mais en aout 1888, une série de crimes atroces est commise: les meurtres de Jack l'Eventreur. Alors que John tente du mieux qu'il peut d'égarer son meilleur ami sur l'affaire, il est finalement démasqué: il est l'éventreur.
Helen tente de l'arrêter et lui tire dessus, lui laissant une cicatrice sur sa joue droite. Après que sa mort soit mise en scène, John disparaît de la circulation quelques années.
Quelques années plus tard, il est appelé par le gouvernement pour refaire équipe avec ses anciens collègues et amis pour mettre fin aux agissement d'Adam Worth, un scientifique devenu fou après la mort de sa fille.
Alors qu'Adam est aux portes de la mort, John montre sa clémence en le laissant dériver dans la rivière dans laquelle ils se trouvent, pensant qu'il ne vivrait plus pour longtemps. Avant de mourir, Adam lui donne les clefs pour survivre discrètement dans le monde, sans être inquiété.

Durant la Seconde Guerre Mondiale, John rejoint les nazis dans le but de détruire Hitler. Un plan qui fut un succès, mais qui ne changea rien, puisque des doublures furent utiliser. C'est dans cette ambiance qu'il retrouve certains de ses anciens collègues. Il est obligé de torturer James pour sauver les apparences aux yeux des généraux Allemands. C'est après avoir tué l'un d'eux qu'il disparaît à nouveau de la circulation.

Vers la fin des années 2000, John réapparait dans la vie d'Helen. Étant mourant, il espère pouvoir s'emparer d'un peu du sang de son ex-fiancée pour guérir. Par la même occasion, il rencontre enfin sa fille, Ashley et la met en danger dans l'espoir d'obtenir quelques gouttes du précieux sang. Helen décide alors d'accéder à la demande de John, mais également de le piéger, puisque le sang qu'elle lui donne n'est pas ce qu'il semble être.
Mais il en faut bien plus à John pour être mis hors jeu, et avec l'aide des talents électriques de Nikola Tesla, il revient à la vie, apaisé de toute la rage qui l'habite. Soupçonnant malheureusement que son ancien collègue et rival ne veuille du mal à Helen, John kidnappe une nouvelle fois Ashley dans le but d'avoir des informations sur la localisation de sa mère. Après avoir sauvé Helen, il disparaît à nouveau.

Quelques mois plus tard, il réapparait, après avoir été sur le site où une bombe, libérant un virus destiné aux anormaux, a explosé. S'alliant à nouveau à ses anciens camarades, il est bien décidé à se battre pour les anormaux. Malheureusement, un dessein bien plus sombre est caché derrière cette attaque contre les anormaux et bientôt Ashley est enlevée, modifiée génétiquement pour faire ressortir l'héritage génétique de ses parents.
Les différents Sanctuaires à travers le monde sont attaqués et lors de l'ultime bataille, Ashley se sacrifie. John se lance alors dans une vendetta contre l'organisation derrière tout ça : La Cabale. Tuant, un à un, les responsables, John retombe petit à petit dans le meurtre, n'exécutant plus seulement des employés de la Cabale.

Se rendant compte du danger qu'il génère, John décide de forcer son ex-fiancée à le tuer. Tuant un anormal dans le Sanctuaire et menaçant Helen, celle ci n'a d'autres choix que de tuer John. Mais refusant de le laisser mourir ainsi, elle le ramène à la vie à l'aide d'un défibrillateur. Ce qui provoque une surchage de courant, et une créature faite d'énergie prend le contrôle du bâtiment. Rapidement John et Helen comprennent que l'entité vient en fait du meurtrier, et que c'est cette même entité qui emplit John de rage. Malheureusement, rien ne semble pouvoir arrêter la chose de détruire le monde, et John décide de se sacrifier en la reprenant en lui.

Il disparaît à nouveau, essayant de noyer sa rage en se droguant. C'est au Cambodge qu'Helen le retrouve, et le remet sur pied pour avoir des réponses au sujet du fait qu'Adam Worth soit en vie.
C'est ainsi que John se retrouve à prendre part à la quête pour trouver l'entrée vers la Terre Creuse, là où une civilisation d'anormaux vit.
Une fois encore, John se laisse corrompre par Adam, qui lui promet de l'emmener avec lui lorsque son moyen pour retourner dans le temps serait opérationnel. Il fait croire à Helen, qu'il a réglé le compte d'Adam, une bonne fois pour toute.
Mais voyant que Worth l'a berné une fois encore et qu'il n'a jamais compté l'emmener, John se tourne à nouveau vers Helen pour la prévenir du danger.

Cette fois, Helen ne comptant pas le pardonner pour cette énième traitrise, John décide de se sacrifier pour laisser à l'amour de sa vie, la chance de sauver le monde.
Utilisant son énergie vitale pour l'aider à suivre Adam via un vortex temporel, John se consume totalement. Et alors que les tunnels dans lesquels il se trouve commencent à s'écrouler, une faille s'ouvre près de lui, le happant vers Lumen....

A son arrivée, à Lumen, l'entité qui l'habite est hors jeu, faisant de John le parfait gentleman du XIXè siècle. Qui sait combien de temps elle le sera, ou bien si elle ne l'est pas pour toujours?